Bereits seit April 2000 ist die Universität Paderborn nach dem so genannten Öko-Audit (EMAS, Eco- Management and Audit Scheme) und der DIN ISO 14001 zertifiziert. Das bedeutet, dass die Hochschule in ein öffentliches Register eingetragen ist. Das Umweltmanagement der Uni enthält auf Grundlage einer selbstgesteckten "Umweltpolitik" ein Umweltprogramm mit einzelnen Zielen für den betrieblichen Umweltschutz. Diana Riedel vom Bereich Arbeits-, Gesundheits- und Umweltschutz der Universität Paderborn: "Aufgrund eines kontinuierlichen Verbesserungsprozesses konnten wir den Weg erfolgreich fortführen und alle erforderlichen Kriterien erfüllen, um weiterhin mit dem EMAS-Logo werben zu dürfen." Die neue Zertifizierung gelte nun bis Februar 2010.
Rektor Prof. Dr. Nikolaus Risch und Kanzler Jürgen Plato zeigen sich auch im Zusammenhang mit der aktuellen Klimadebatte davon überzeugt, dass an der Universität dem Umweltschutz und der Energieeinsparung zu Recht so große Aufmerksamkeit geschenkt wird. Von einem unabhängigen Umweltgutachter seien die Umwelterklärung und das Umweltmanagementsystem der Hochschule im Dezember 2006 auf Herz und Nieren geprüft worden, so Riedel. Die Thematik der Ressourceneinsparung sei auch vor dem Hintergrund der Kostenexplosion auf dem Energiesektor ein Schwerpunkt. Es fanden u. a. Begehungen des Heizkraftwerks der Uni und einiger Gebäude statt, an denen die Erfolge bei der Energieeinsparung deutlich wurden.
Die Hochschule fühlt sich dadurch in ihren bisherigen Aktivitäten bestätigt und hat sich neue Ziele gesetzt, um den Umweltschutz noch weiter zu verbessern. Dazu zählt u. a., als gemeinsames Projekt mit dem Bau- und Liegenschaftsbetrieb NRW, die Schadstoff-Entfrachtung in den Uni-Gebäuden, soweit noch erforderlich. Gebäudeweise werden über einen Zeitraum von zehn Jahren alle schadstoffbelasteten Baustoffe, die Gefahren für Mensch und Umwelt bedeuten könnten, entfernt. Aktuelle Gefährdungen liegen allerdings nicht vor.