Bereits am 12. September 2011 im Rahmen der konstituierenden Sitzung des neugewählten Fakultätsrats der Fakultät für Naturwissenschaften wurde das neue Dekanat der Fakultät gewählt.
Als neuer Dekan im Amt ist seit dem 01. Oktober 2011 Professor Dr. Torsten Meier aus dem Department Physik. Als Prodekanin und Studiendekanin wurde Professorin Dr. Claudia Schmidt, Department Chemie, sowie als Prodekan Professor Dr. Hans Peter Brandl-Bredenbeck, Department Sport und Gesundheit, gewählt. Professor Dr. Torsten Meier ist seit April 2007 Leiter der Arbeitsgruppe „Festkörper-Optoelektronik und Photonik“ im Department Physik. Professorin Dr. Claudia Schmidt vertritt seit April 2002 das Fachgebiet „Physikalische Chemie und Makromolekulare Chemie“ im Department Chemie. Professor Dr. Hans Peter Brandl-Bredenbeck ist seit 2008 im Fachgebiet „Sport und Erziehung“ im Department Sport und Gesundheit tätig.
Mit der Amtszeit des bisherigen Dekanats – bestehend aus Professor Dr. Hans-Joachim Warnecke, Department Chemie, als Dekan, Professor Dr. Peter Reinhold, Department Physik, als Studiendekan sowie Professor Dr. Helmut Heseker, Department Sport und Gesundheit, als Prodekan – endet zugleich der aktive Dienst von Dr. Frank Lohse, der im Department Physik und nach der Fakultätsgründung in 2002 zusätzlich in der Geschäftsführung der Fakultät 37 Jahre für die Universität Paderborn tätig war. Die Geschäftsführung der Fakultät wird ab dem 01. Oktober 2011 nun alleinig von Dr. Christian Hennig wahrgenommen.
